莊烈帝即位，王在晉進(jìn)入朝廷擔(dān)任兵部尚書，對(duì)孫承宗痛恨不已，唆使尚書省一齊詆毀孫承宗，來(lái)阻止他出來(lái)做官。崇禎二年十月，大清兵進(jìn)入大安口，攻取遵化，將迫近北京城。朝臣爭(zhēng)相請(qǐng)求召回孫承宗。下詔以原官職兼兵部尚書防守通州，仍舊進(jìn)入朝廷朝見皇帝。

當(dāng)初，右屯、大凌河二城池，孫承宗已派兵駐守。后來(lái)高第來(lái)代替他，全部撤走了。大清兵大部隊(duì)到來(lái)，將城重重包圍。孫承宗聽到后，派遣吳襄、宋偉前往救援。宋偉與吳襄的關(guān)系又不和睦，于是在長(zhǎng)山被打得大敗。到了十月，城中糧食吃完了而援軍又毫無(wú)希望，守將祖大壽力量用盡出城投降，城池又一次被平毀。孫承宗又接連上疏稱病辭職。孫承宗在家居住七年，朝廷內(nèi)外多次請(qǐng)求征召任用他，沒(méi)有回復(fù)。

崇禎十一年，大清兵深入內(nèi)地。在十一月九日進(jìn)攻高陽(yáng)，孫承宗率領(lǐng)家族人抵抗。大清兵將要離開，圍繞著城墻大聲叫喊了三次，守城的人也回答了三次。說(shuō)：“這是守城的人在嘲笑，按照法令應(yīng)當(dāng)攻破它。”又一次包圍了高陽(yáng)城。第二天攻陷，孫承宗被捉。望著朝廷叩頭后，上吊自殺，終年七十六歲。